設定はこんな感じ 「カスタム投稿タイプとタクソノミー」は片っ端からチェック。
「同期」は「カスタムフィールド」以外にチェック。
メディアは無効化。ちなみに有効化すると言語ごとのメディア管理になる。
あと、パーマリンク系のプラグインは「Permalink Manager Lite」が相性いい
テーマ内での言語分岐はこんな感じ。 
if ( pll_current_language() == 'ja' ) {
} elseif ( pll_current_language() == 'en' ) {
}
言語切り替えメニューはこんな感じ。 
$args = array(
	'dropdown'               => 0, // セレクトボックスタイプにする
	'echo'                   => 0, // echo する
	'hide_if_empty'          => 0, // 投稿やページがない言語は非表示にする
	'show_flags'             => 0, // 国旗を表示する
	'show_names'             => 1, // 言語名を表示する
	'display_names_as'       => 'name', // slug:略語 name:正式
	'force_home'             => 0, // 不明
	'hide_if_no_translation' => 0, // 不明
	'hide_current'           => 0, // 現在選択中の言語は表示しない
	'post_id'                => null, // 不明
	'raw'                    => 1, // 独自のカスタム言語スイッチャーを構築。連想配列が返される。他のパラメーターはほぼ無意味だが、「hide_if_empty」は有効。
	'item_spacing'           => 'preserve', // リスト間の空白を preserve: 保存　discard:破棄
);
$lang_switcher = '';
if ( $langs = pll_the_languages( $args ) ) {
	foreach ( $langs as $lang => $meta ) {
		echo '' . "\n";
	}
}